Desa wanarejan selatan menurut bahasa sangsekerta wana berarti hutan sedangkan rejan berarti makmur jadi wanarejan dahulunya hutan yang makmur yang di huni oleh banyak hewan yang bernama celeng, dalam bahasa indonesia babi hutan bahasa sangsekertanya SRENGGI sampai sekarang masih ada dusun wanasrenggi yang berarti hutan celeng yang terletak di Rw 003 dalam perkembangannya wanarejan ditempati oleh beberapa tokoh-tokoh yang sekarang masih ada pemakamam kuno yaitu Mbah Pantarosa, Mbah kuat, Mbah Klintinting, Mbah bangkuk, Mbah Carmah dari semua tokoh yang terkenal yaitu Mbah Pantarosa, konon Mbah Pantarosa adalah prajurit dari kerajaan Mataram yang di suruh mengejar penjahat dalam pengejarannya sampai ke Pemalang terutama Desa Wanarejan atau Wanasregi namn setelah mellihat di wanarejan hutan dan masyarakatnya belum tertata maka memutuskan tinggal di wanarejan untuk menata masyarakat dan babat hutan/ alas.
Pada waktu mbah Pantarosa jalan-jalan dan mengembala kerbau ingin mangga tapi tidak ijin sama pemeliknya, pengembala tersebut melempari mangga pakai batu kemudian Mbah Pantarosa melempar mangga dengan anaknya kerbau, buah dan pohonnya tumbang tapi anak kerbau tersebut jatuh di desa Taman, anak kerbau tersebut tidak mati maka dusun yang ada di desa Taman di namakan dusun Bandelan.
Pada tahun 1999 Desa Wanarejan dibagi menjadi dua desa yaitu desa Wanarejan Selatan dan Desa Wanarejan Utara dengan batas desa sebelah utara jalan Jendral Sudirman Desa Wanarejan Utara dan sebelah Selatan jalan Jendral Sudirman Desa Wanarejan Selatan.
Berdasarkan Keputusan Gubernur Jawa Tengah Nomor : 146.1 / 203 /1999 tentang pemecahan desa Wanarejan Kecamatan Taman Kabupaten Pemalang dan Keputusan Buoati Pemalang Nomor : 146.1 / 317 / Pemdes tentang pengesahan Keputusan Desa Wanarejan Kecamatan Taman Kabupaten Pemalang pemecahan wilayah Desa Wanarejan Selatan dan Wanarejan Utara.
Surat keputusan Gubernur Jawa Tengah nomor 146 / 219 / 1999 tentang pengukuhan perubahan status Desa Wanarejan Menjadi Kelurahan Wanarejan Selatan dan Desa Wanarejan Utara.
Demikian sejarah singkat Kelurahan Wanarejan Selatan dihimpun dari cerita dan pendapat warga masyarakat dan tokoh masyarakat Kelurahan Wanarejan Selatan. Apabila dalam penyusunan sejarah singkat Kelurahan Wanarejan Selatan terdapat kekeliruan atau kesalahan kami mohon maaf dan untuk penyempurnaan sejarah Kelurahan Wanarejan Selatan kami sangat menerima kritikan dan masukan yang berhubungan dengan Sejarah singkat Kelurahan Wanarejan Selatan.